Les aéronefs civils affectés à des missions d'État, telles que celles des douanes, de la police, du sauvetage, de la lutte contre les incendies, du contrôle aux frontières et de la surveillance côtière, ne sont pas soumis à la réglementation européenne. Cependant, s'ils ne relèvent pas de la catégorie des aéronefs d'État définie par l'article L6100-1 du Code des Transports, les exploitants doivent se conformer aux exigences de l'arrêté Scenario. De plus, lorsque ces aéronefs n'évoluent pas dans une circulation aérienne militaire (CAM), les dispositions de l'arrêté Espace s'appliquent également.
Malgré ces règles, il est envisageable de déroger à certaines dispositions de ces arrêtés lorsque la mission est sous le contrôle et la responsabilité de l'État, sous réserve que les circonstances le justifient. L'appréciation de l'opportunité et de l'ampleur de ces écarts relève du service de l'État en charge de la mission.
Pour les missions nécessitant une autorisation spécifique de la Direction Générale de l'Aviation Civile (DSAC), les exploitants doivent soumettre une demande via le formulaire en ligne R5-TAAG-F1. La procédure et le dossier de demande sont identiques à ceux des autorisations d'exploitation standard.